ניקוי יחידות VRF כולל: ניקוי מסנן אוויר, סירוק סוללת היחידה והוצאת המזהמים, הוצאת צינור ניקוז היחידה וחיבור צינור חיצוני להוצאת הלכלוך והבוצה לתוך דליים חיצוניים, ניקוי סוללת היחידה שיתבצע בחומרים ירוקים בלבד, הרכבת היחידה, בדיקת תקינות היחידה.
ניתן לבצע כמובן גם חיטוי ליחידות.